Mit der Pandemie des SARS-CoV-2 Erregers kam eine bisher nicht dagewesene Flut von Aufträgen für eine PCR in die klinisch-chemischen Labore. Neben ihrer großen Anzahl kamen Probenmaterialein ins Labor, die bislang in den Routineabläufen, nur einen geringen Arbeitsaufwand darstellten, deren Entnahmequalität jedoch das Analysenergebnis wesentlich beeinflusst. Die dritte neue Herausforderung stellte die Notwendigkeit zur Steigerung der Bearbeitungskapazität in kürzester Zeit dar, da die Pandemie sich schnell in der Bevölkerung ausbreitete. Die Industrie reagierte schnell mit Assay- und Geräteentwicklungen, so dass 3 – 4 Monate nach den ersten Fällen halbautomatische und wenig später vollautomatische Systeme zur Verfügung standen. Dafür mussten Räume vorbereitet werden, die die dafür erforderlichen Medien (Strom, Wasser, Klimatisierung, Belüftung) enthielten, insbesondere dem Infektions- und Kontaminationsschutz genügten. Die Labore mussten die Assays ohne etabliertes Referenzmaterial validieren, den Probentransfer und die -vorbereitung unter dem besonderen Schutz der Mitarbeiter bewältigen und die Datensicherheit über ihr LIS für Einschleusung, Identifikation, Material und Befund einschl. Kommentierung und Übermittlung, auch an die Überwachungsstellen (GSA, RKI), gewährleisten. Darüber hinaus wurden auch PCR-Schnelltests bereitgestellt, die in die bestehenden Eilfallstrukturen zu integrieren waren. Die Versorgung mit Entnahmesystemen war im ganzen ersten Jahr der Pandemie knapp. Ein häufiger Herstellerwechsel erforderte Auswertungsanpassungen. Inzwischen ist die Versorgung stabil und mit der Einführung von inaktivierenden Medien im primären Probenröhrchen könnten Infektionsschutzmaßnahmen reduziert werden. Die entscheidende Einflussgröße bleibt trotz aller Validationen im Labor und im Gegensatz zur standardisierten venösen Blutentnahme die Entnahmequalität in Nase und Rachen. Klinisch erforderliche Entnahmen als BAL oder Bronchialabstrich/Sputum erfordern eine spezifische Probenaufbereitung. Nach wie vor schwierig, insb. in der Befundkommunikation, bleibt der Messwert der PCR, der Ct-Wert (Cycle Threshold). Er stellt anders als in der Klinischen Chemie verbreitet nicht direkt eine Stoffmenge dar. Die Wertelage bleibt darüber hinaus vom Assayhersteller und der individuellen Auswertung des qualitativen PCR-Assays abhängig. Mithilfe der inzwischen etablierten Referenzmaterialien von Referenzmaterialherstellern und des RKI konnte für die PCR-Methoden eine Vergleichbarkeit hergestellt werden und ein Orientierungswert für den Ct eingeführt werden, der eine grobe Abschätzung der Kontagiosität der Patienten ermöglicht. Das RKI propagiert darüber die Entisolierung von Infizierten zu steuern. Damit ist für das Labor ein Grad der Referenzierung erreicht, der das Arbeiten in der SARS-CoV-2 Diagnostik erleichtert. Es ist jedoch nicht abzusehen, wann oder ob überhaupt die SARS-CoV-2 Pandemie ein Ende hat, deshalb werden hohe Anforderungen an das Labor bestehen bleiben.